В 1999 году Председатель совета директоров ОАО «ЛУКОЙЛ» Вагит Алекперов объявил о предложении приобрести 100% акций ОАО «Коми ТЭК». Таким образом предприятия Группы «Коми ТЭК» вошли в Группу «ЛУКОЙЛ».
Было подписано первое соглашение о сотрудничестве между ОАО «ЛУКОЙЛ» и Правительством Республики Коми.
Также ЛУКОЙЛ добровольно взял на себя обязательства по ликвидации последствий аварийного разлива нефти 1994 года, который в дальнейшем был занесен в Книгу рекордов Гиннеса как крупнейшая экологическая катастрофа на суше . Компания незамедлительно приступила к реабилитационным работам.
В 2000 году была утверждена программа по развитию добычи нефти на Севере европейской части России. Документ составлен в рамках Федеральной целевой программы по заказу Минтопэнерго РФ «Комплексное освоение нефтегазовых ресурсов Тимано-Печорской провинции до 2005 г. и в последующие годы».
2001 год — В результате реформирования группы предприятий «КомиТЭК» было создано дочернее общество Компании — ООО «ЛУКОЙЛ-Коми» — с головным офисом в Усинске.
2002 год — Запущена в эксплуатацию установка предварительного сброса воды на Харьягинском месторождении. Она стала важным звеном в возрождении единой системы сбора, подготовки и транспортировки нефти.
Запущена в эксплуатацию установка подготовки нефти на нефтепроводе Харьяга-Уса.
Созданы два территориальных производственных предприятия (ТПП): «ЛУКОЙЛ-Усинскнефтегаз» и «ЛУКОЙЛ-Ухтанефтегаз» на базе активов присоединенных ОАО «Тэбукнефть», ОАО «Ухтанефть», ООО «АмКоми» и ЗАО «РКМ ОЙЛ».
Подписаны первые соглашения о взаимном сотрудничестве между ООО «ЛУКОЙЛ-Коми» и администрациями муниципальных образований, на территории которых предприятие ведет свою деятельность.
Активные и масштабные работы ЛУКОЙЛ-Коми по ликвидации последствий аварии 1994 года позволили снять с территории Усинского района статус зоны экологического бедствия.
Создано структурное подразделение Усинский газоперерабатывающий завод.
Введен в эксплуатацию приемо-сдаточный пункт (ПСП) «Уса» с системой измерения качества и количества нефти, обеспечивающий сдачу нефти в систему магистрального трубопровода
В Ненецком автономном округе образовано новое подразделение — ТПП «ЛУКОЙЛ-Севернефтегаз» на базе активов присоединенного ООО «ЛУКОЙЛ-СЕВЕР».
Предприятие впервые в Республике Коми инициировало и профинансировало работы по восполнению популяции хариуса европейского. В реки Колва и Сыня (ихтиологический заказник республиканского значения) было выпущено 100 тысяч мальков.
2008 год — В опытно-промышленную эксплуатацию введено Баяндыское месторождение.
2009 год — Введена в эксплуатацию установка подготовки нефти «Уса-Тяжелая нефть».
В Москве на IV съезде коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока общественная организация «Ясавэй» присвоила ЛУКОЙЛ-Коми звание «Лучший социальный партнер».
ЛУКОЙЛ-Коми полностью ликвидировал последствия аварии 1994 года.
Организация начала реализацию крупного инфраструктурного проекта «Межпромысловый нефтепровод Харьяга — Южное Хыльчую» для транспортировки увеличивающихся объемов нефти ООО «ЛУКОЙЛ-Коми», добываемой на месторождениях в Ненецком автономном округе, с последующей перекачкой на морской терминал «Варандей».
Предприятие стало победителем федерального конкурса «Российская организация высокой социальной эффективности».
В ТПП «ЛУКОЙЛ-Ухтанефтегаз» введен в эксплуатацию проходческий комбайн (КП-21), который позволил увеличить темпы проходки горных выработок на шахтах Яреги по отношению к традиционному буровзрывному способу с 1,5 м/сут до 3 м/сут.
На производственных объектах ТПП «ЛУКОЙЛ-Усинскнефтегаз» в год 20-летия Компании прошел VI конкурс ОАО «ЛУКОЙЛ» «Лучший по профессии».
2012 год — Нефтешахтное управление «Яреганефть» стало отдельной структурой ЛУКОЙЛ-Коми. Ранее оно входило в состав ТПП «ЛУКОЙЛ-Ухтанефтегаз».
В Усинске открылся музей истории нефтегазовой промышленности Тимано-Печоры ООО «ЛУКОЙЛ-Коми».
2013 год — ООО «Нарьянмарнефтегаз» перешло под управление ЛУКОЙЛ-Коми.
Дан старт опытно-промышленной эксплуатации крупных месторождений имени Романа Требса и Анатолия Титова в НАО. Проект реализуется совместным предприятием компаний «ЛУКОЙЛ» и «Башнефть» — «Башнефть-Полюс».
В ТПП «ЛУКОЙЛ-Ухтанефтегаз» введена в эксплуатацию новая установка предварительного сброса воды (УПСВ) «Щельяюр».
На Восточно-Ламбейшорском месторождении специалисты Управления по бурению ЛУКОЙЛ-Коми установили рекорд предприятия — пробурили скважину глубиной 5409 м.
При этом впервые была достигнута протяженность горизонта в полтора километра — еще один рекорд усинских буровиков.
Создано совместное предприятие ООО «ВОСТОК НАО» с участием ООО «ЛУКОЙЛ-Коми» и ОАО АНК «Башнефть» для совместной разработки месторождений в Ненецком автономном округе.
На Баяндыском месторождении, нефть которого отличается высоким содержанием сероводорода, запущена в эксплуатацию установка по производству и грануляции серы. Новое оборудование позволило полностью утилизировать сероводород, тем самым исключить выбросы в окружающую среду, а также ежегодно производить 50 тыс. т гранулированной серы, которая является ценным сырьем для химической промышленности.
На Ярегском месторождении введены в эксплуатацию пункт подготовки и сбора нефти ППСН "Ярега" и водоподготовительная установка ВПУ-700. Последняя установка уникальна. Пластовые воды на ней очищаются и направляются на выработку пара для разогрева нефтяного пласта. Таким образом, производство получило замкнутый технологический цикл. Забор воды из природных источников сведен к минимуму.
На Усинском месторождении введен в строй энергоцентр "Уса" мощностью 100 МВт. Он расчитан на использование 170 млн куб м попутного нефтяного газа, из которого вырабатывается электричество.
В церемониях запуска приняли участие Президент ПАО "ЛУКОЙЛ" Вагит Алекперов и Глава Республики Коми Сергей Гапликов.
